【あらすじ】
STORY of I&II
R.C.1014 年、かつての宇宙戦争によって多くの科学技術や知識が失われた時代。だが、地球上の全エネルギーを供給するキャピタル・タワーを支えに少しずつ再興の兆しを見せてもいた。ある日、キャピタル・ガードの候補生ベルリは、謎の MS「G-セルフ」でタワーを襲撃してきた宇宙海賊の少女アイーダと出会う。アイーダに惹かれたベルリは彼女の行動に巻き込まれ、海賊部隊の母艦「メガファウナ」に乗船することに。そこでG-セルフのパイロットとなったベルリは、軍事組織キャピタル・アーミィの執拗な攻撃を幾度も退ける。そんな中、大国アメリアが宇宙艦隊を編成、キャピタル・タワー制圧のために出撃する。アメリア軍の隠密部隊であった宇宙海賊も追従し、ベルリやアイーダたちは宇宙へ飛び出した。大気圏外で繰り広げられる激しい戦いのさなか、アメリア軍、続いてキャピタル・アーミィとメガファウナがキャピタル・タワーの最上部であるザンクト・ポルトに到達する。
Story of III
突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の 4 勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる......。