遂にケロロ軍曹が侵略宇宙人の本性を現した。
閉じ込められた夏美と冬樹。一体どうなる！？
「今日から我々がこの星の支配者となるであります！」

【3話（放映3週分）収録】
■第49話
「冬樹　トランクス対ブリーフ　であります」
　ブリーフ派かトランクス派か、これはペコポン人男子にとって非常に重要な問題である。冬樹がブリーフとトランクスを気にしている姿を見てそれに気づいたケロロ達は、パンツ派閥を利用した侵略作戦を思いつくのだが…。
「ガルル　密かなる想い！？　であります」
　突然やって来たガルル中尉に、ビクビクのケロロ小隊。ガルルは“日々の気持ちを伝える”べくプルルに会いに来たというが…。えっ！？それってプルルちゃんとガルル中尉が付き合ってるってこと！？
■第50話
「ケロロ　恐怖の大暗黒作戦！　であります」
　クルル曹長がペコポン侵略のために作り上げた最終兵器、その名も「ヒカリガ消エタラ真ッ暗闇サープリズム」。果たしてその威力とは！？
「ケロロ　恐怖の大美白作戦！　であります」
　さらに、次なる最終兵器を作り上げたクルル曹長。名付けて「白イ白イ雪ガ降ル、白イ世界ニ白イヌクモリー、ガス」。はたまたその威力は…。
「ケロロ　恐怖の大停止作戦！　であります」
　さらに、さらに、新たな最終兵器を作り上げたクルル曹長。名は「時間ヨ止マレ命ノメマイノザ・ワールドシステム」。威力のほどは！そして侵略は成功なるか！！
■第51話
「冬樹＆夏美　ケロロ襲来！　であります」
　突然、家中の出入口が塞がれた日向家。取り残された夏美と冬樹は、ニュースに映し出された宇宙からの侵略者のようなケロロの姿にア然とする。今まで一緒に暮らしていたのは、地球に適応するためだったのか…。ついに侵略開始！？
「ケロロ　ウッソだよ～ん♪　であります」
　エイプリルフールのいたずらが過ぎて壊れてしまった冬樹のパソコン。大事なレポートの入ったパソコンを直すためパソコンショップを探すケロロだったが、途中で宇宙ドッキリカメラに巻き込まれ、冬樹のパソコンを紛失してしまう…。

製作年度：2008

第49話　脚本：下山健人／演出：向井正浩／絵コンテ：喜多幡 徹／作画監督：森本由布希
第50話　脚本：山口 宏／演出・絵コンテ：下田久人／作画監督：しんぼたくろう・高瀬健一
第51話　脚本：竹内利光／演出：阿宮正和／絵コンテ：まつぞのひろし／作画監督：小池智史

企画：サンライズ／原作：吉崎観音（角川書店少年エース連載）／監修：佐藤順一／監督：近藤信宏／シリーズ構成：横谷昌宏／音楽：鈴木さえ子／キャラクターデザイン：追崎史敏／美術監修：田尻健一／美術監督：駒田 寛／色彩設計：舟田圭一／撮影監修：福士 享／撮影監督：後藤健男／編集：今井大介／音響監督：鶴岡陽太／製作：テレビ東京・ＮＡＳ・サンライズ　他

ケロロ軍曹：渡辺久美子／タママ二等兵：小桜エツ子／ギロロ伍長：中田譲治／クルル曹長：子安武人／ドロロ兵長：草尾 毅／日向冬樹：桑島法子／日向夏美：斎藤千和／日向 秋：平松晶子／アンゴル・モア：能登麻美子／西澤桃華：池澤春菜／東谷小雪：広橋 涼／ナレーション＆ポール森山：藤原啓治　他