「地球は根源的破滅に対し、自らの力で立ち向かう決意を人類に促した。
この地球には、怪獣がいて、人間がいる。そして、それだけではないのかもしれない･･･」
　全世界を揺るがした根源破滅天使・ゾクとの戦いが終わって月日は経ち、人々には平和な日々が戻っていた。だがその一方、いつしか地球の怪獣は活動を開始していた。藤宮の努力も空しく、結果的に怪獣はかつての様な標的となってしまう。Ｇ・Ｕ・Ａ・Ｒ・Ｄの攻撃を妨害したことで、追われる身となる藤宮。だが、そんな彼の前に、助けを求める謎の少女が現れた…。同じ頃、大学に戻っていた我夢は、ある日突然緊急指令を受け、チーム・マリーンと共に海底調査へと赴き、光の無い世界で驚くべき奇跡を目の当たりにする。人類が知り得なかった生物とのファースト・コンタクト…その感動も束の間、我夢たちは謎の怪獣群の襲撃を受け、絶体絶命の危機に陥ってしまった！この地球に何かが起ころうとしている。我夢と藤宮の眼前に広げられるのは破滅への兆しなのか、それとも…!?

製作年度：2001

製作：円谷一夫／監修：高野宏一／脚本：小中千昭／撮影：倉持武弘／照明：佐藤才輔／音楽ﾌﾟﾛﾃﾞｭｰｻｰ：玉川 静／音楽：佐橋俊彦／文芸協力：江藤直行／監督・特技監督：八木 毅／製作：円谷ﾌﾟﾛﾀﾞｸｼｮﾝ　他

高山我夢：吉岡毅志／藤宮博也：高野八誠／横谷勝歳：庄司哲郎／今井源太郎：入沢宏彰／巌均悟：横山尚之／梶尾克美：中上雅巳／大河原聡志：沢木祐介／吉井玲子：石田裕加里／石室章雄：渡辺裕之／堤誠一郎：宇梶剛士／佐々木敦子：橋本 愛／ジョジー・リーランド：マリア・テレサ・ガウ　他