【4話収録】
■第49話「宇宙の雪」
“甲羅怪獣アルケラ、神秘郡獣スノースター登場”
　ムサシたちが「宇宙に降る雪」として知られるスノースターを目撃して間もなく、怪獣アルケラが地球に侵入した。しかし、アルケラは特に何もしないまま、生命活動を低下させる。新しい生命活動を始めるためにサナギになろうとしているらしい。命の営みを見守ってやりたいと考えるムサシ。しかし、防衛軍はアルケラの活動再開をくいとめるようEYESに攻撃を要請する。
■第51話「カオスの敵」（初回放送NO.50）
“天敵怪獣マザルガス、カオスマザルガス登場”
　カオスヘッダーを食べる怪獣、マザルガスが出現した。マザルガスが持つ体内酵素をカオスヘッダー対策に活かそうと意気上がるムサシたち。防衛軍はEYESの考えを受け入れはしたが、マザルガスが脅威となる場合には殲滅兵器ダビデス909を使用する事を伝える。マザルガスを保護しようと作戦を開始するEYES。しかし、予想もしない事態がムサシたちを待っていた！
■第53話「未来怪獣」（初回放送NO.51）
“ラグストーン・メカレーター、怪獣狩人ノワール星人、未来怪獣アラドス登場”
　各地で突如として起こった時間停止現象は、怪獣アラドスによって引き起こされたものだった。アラドスは5千年後の未来から時間を越えてきたことが判明する。衰弱しているアラドスの生命を守ろうと奮闘するムサシやヒウラたち。しかし、その前に姿を現わすノワール星人。アラドスの引き渡しを要求する星人は、自分たちにならアラドスを延命させられると説くのだが……。
■第55話「最終テスト」（初回放送NO.52）
“隕石大怪獣ガモランⅡ、隕石小怪獣ミーニン登場”
　ムサシは人類と怪獣の共生を考えるレポート作成のために鏑矢諸島を訪ねたが、その矢先に謎の飛行物体が島に潜入する。飛行物体はミーニンを捕らえ、それを追ったムサシもその中に吸い込まれてしまう。サワグチ女史との約束がありながら、急報を受けたヒウラはその行方を追う。やがて飛来物体の中から現れた謎の少女は、ある重大な出来事をムサシに語り掛ける。

製作年度：2001

第49話　脚本：大西信介／監督：市野龍一／特技監督：鈴木健二
第51話　脚本：梶 研吾／監督：根本実樹／特技監督：佐川和夫
第53話　脚本：荒木憲一／監督：石井てるよし／特技監督：佐川和夫
第55話　脚本：武上純希／監督・特技監督：村石宏實

製作：円谷一夫／監修：高野宏一／企画：満田カズホ（※満田カズホの「カズホ」は「禾」+「斉」です。）・丸谷嘉彦・森本正博／プロデューサー：渋谷浩康・小山信行・丸谷嘉彦／技術監督：大岡新一／音楽プロデューサー：玉川 静／音楽：冬木 透／シリーズ構成：江藤直行／製作：円谷プロダクション・毎日放送　他

ムサシ隊員：杉浦太陽／ヒウラ隊長：嶋 大輔／シノブ副隊長：坂上香織／フブキ隊員：市瀬秀和／ドイガキ隊員：須藤公一／アヤノ隊員：鈴木繭菓　他