部隊の存続が認められたものの、９課の活動は制限されていた。
政財界の黒いつながりを断ち、暴走ヘリを沈黙させ、犯罪の芽を摘む攻性な組織へと復活を遂げられるのか！

【2話収録】
■第3話「土曜の夜と日曜の朝　CASH EYE」
　政財界の名士である田所会長のもとに、窃盗犯から予告状が届いた。９課は芽葺首相の命により、田所主催のパーティを警備することになる。だが、窃盗犯の正体は草薙だった！ ９課の本当の狙いは何処にあるのか!!
■第4話「天敵　NATURAL ENEMY」
　合同演習中にＡＩヘリが暴走。誘われるように各地で無人のヘリが動き出し、集結し始めた。そして、対応を迫られる９課の前に忽然と現れた内閣情報庁の“ゴーダ”。彼の真意も図れぬまま、草薙らはタチコマで出撃するが──

製作年度：2004

第3話　脚本：佐藤 大／絵コンテ：西村純二／演出：布施木一喜／作画監督：新野量太
第4話　脚本：藤咲淳一／絵コンテ・演出：吉原正行／作画監督：丸山宏一

原作・協力：士郎正宗／企画：石川光久、渡辺 繁／監督・シリーズ構成：神山健治／ストーリーコンセプト：押井 守／キャラクターデザイン：後藤隆幸、西尾鉄也／オリジナルキャラクターデザイン：下村 一／メカニカルデザイン：寺岡賢司、常木志伸／美術監督：竹田悠介／美術設定：加藤 浩／色彩設定：片山由美子／特殊効果：村上正博／編集：植松淳一／撮影監督：田中宏侍／3D監督：遠藤 誠／音響監督：若林和弘／音楽：菅野よう子／制作：Production I.G／製作：攻殻機動隊製作委員会（Production I.G、バンダイビジュアル、BANDAI ENTERTAINMENT,INC.、電通、ビクターエンタテインメント、日本テレビ、徳間書店、MANGA ENTERTAINMENT,INC.）　他

草薙素子：田中敦子／荒巻大輔：阪 脩／バトー：大塚明夫／トグサ：山寺宏一／イシカワ：仲野 裕／サイトー：大川 透／パズ：小野塚貴志／ボーマ：山口太郎／タチコマ：玉川紗己子　他