名称不明の刻印と共に動き始めるテロリズム「個別の１１人」。
そして、難民居住区の地下でうごめく隠蔽された国家機密。
新たな戦慄はこの国に影を落とし、９課は翻弄されていく。

【2話収録】
■第5話「動機ある者達　INDUCTANCE」
　「個別の１１人」から茅葺首相に暗殺予告文が届いた。９課は警護につくが、参禅に乗じて暗殺は実行にうつされる。茅葺に迫る全身義体の男「クゼ」。はたして草薙は阻止できるのか！
■第6話「潜在熱源　EXCAVATION」
　エネルギー省を脅迫していた男が、不可解な死を遂げた。トグサは彼の足跡をたどるべく、招慰難民居住区「東京」に向かう。だがそこでは、あるべきはずもないものが、地下最深部から呼び起こされようとしていた。

製作年度：2004

第5話　脚本：佐藤 大、神山健冶／演出：竹下健一／絵コンテ：布施木一喜／作画監督：後藤隆幸
第6話　脚本：藤咲淳一、神山健治／演出：河野利幸／絵コンテ：下司泰弘／作画監督：浅野恭司

原作・協力：士郎正宗／企画：石川光久、渡辺 繁／監督・シリーズ構成：神山健治／ストーリーコンセプト：押井 守／キャラクターデザイン：後藤隆幸、西尾鉄也／オリジナルキャラクターデザイン：下村 一／メカニカルデザイン：寺岡賢司、常木志伸／美術監督：竹田悠介／美術設定：加藤 浩／色彩設定：片山由美子／特殊効果：村上正博／編集：植松淳一／撮影監督：田中宏侍／3D監督：遠藤 誠／音響監督：若林和弘／音楽：菅野よう子／制作：Production I.G／製作：攻殻機動隊製作委員会（Production I.G、バンダイビジュアル、BANDAI ENTERTAINMENT,INC.、電通、ビクターエンタテインメント、日本テレビ、徳間書店、MANGA ENTERTAINMENT,INC.）　他

草薙素子：田中敦子／荒巻大輔：阪 脩／バトー：大塚明夫／トグサ：山寺宏一／イシカワ：仲野 裕／サイトー：大川 透／パズ：小野塚貴志／ボーマ：山口太郎／タチコマ：玉川紗己子　他