舞台は再び学園へ――アゲートとクロムを迎える仲間たち。クロムはカールスの生きた時間を実感する。
だが、人間と人造兵との間には埋め切れぬ溝があった……。

【3話収録】
■第15話「怯えた瞳」
　カールスの実家を離れ、再び労働区へと向かったアゲートとクロム。しかし穏やかな街にロードたちの手がのびる・・・。焼け落ちる家から少女を助けたアゲートだが、人造兵と思われて拒絶されてしまう。一方、クロム団が持っていた禁書に気づいたベスビアは、教団の大僧正ロベルトともとを訪れる。
■第16話「翼のもとに」
　クロムを連れ、クラスターE.A.に舞い戻ったアゲート。ベリルとエマの協力を得て、学園生活を始めることに。人間としての生活に戸惑うクロムだが、ベリルはクロムの抱える苦しみの中に、人間と変わらぬこころを感じ取る。そしてついに、フォンが一人で修理を続けていたアゲートの飛行機が完成する。
■第17話「大空への絆」
　学園内でも日に日に高まる人造兵追放の声。クロムはベリルに「人造兵の力は使わない」と約束する。不穏な空気が漂うなか、学園の図書館でロードと再会するベリル。ロードはクロム団と接触し、禁書を手に入れていた。一方、飛行機レースに向けて張り切るアゲートたち。しかしそのレースに軍学校も参加することが決定する。

製作年度：2005

第15話　脚本：岡部雅子／演出：藤田陽一・綿田慎也／絵コンテ：須永 司／作画監督：高橋 晃
第16話　脚本：山田かおり／演出：吉村 章／絵コンテ：西澤 晋／作画監督：米山浩平・池田 有
第17話　脚本：大野木 寛／演出：小山田桂子／絵コンテ：須永 司／作画監督：高橋 晃

企画：サンライズ／原作：矢立 肇／監督：池田 成／キャラクターデザイン：菱沼義仁／メカニカルデザイン：山根公利／メインキャラクター原案：小松田わん（白泉社）／美術監督：小川由紀子／色彩設計：片山由美子・赤間三佐子／撮影監督：老平 英／編集：野尻由紀子／音響監督：木村絵理子／音楽：根岸貴幸／OPテーマ「僕たちの奇蹟」：＜Cluster’S＞下野 紘・福山 潤・岸尾大輔・吉野裕行（MusicRay’n）／EDテーマ「ココロのつぼみ」surface（Sony Music Records）／制作：サンライズ／製作：サンライズ・バンダイビジュアル　他

アゲート・フローライト：下野 紘／ベリル・ジャスパー：福山 潤／フォン・アイナ・サルファー：岸尾大輔／クロム：吉野裕行／エマタイト・ラムスベック：木内秀信／ベスビア・バレンチノ：斎賀みつき／ロード・クロサイト：神谷浩史／クロム団１号：鈴木達央／クロム団２号：鈴木千尋／クロム団３号：鈴木正和　他