ベスビアが指揮するグリアン軍の砲火が学園を蹂躙する。
炎の中、正体を知られたクロムは迫害され、ベリルとフォンはアゲートの秘密を知る――。

【3話収録】
■第20話「悲しき怒り」
　ベスビアが指揮するグリアンの部隊はクラスターＥ.Ａ.に向け砲撃をはじめた。その上で学園が隠匿しているアゲートをさしださねば、更なる砲撃で学園を破壊すると脅しをかけてきた。エマは必死に抗議するが、ベスビアは聞く耳を待たない。学園の中では、逃げ遅れた生徒の救出にあたっていたクロムの目の前で、瓦礫が崩れおち生徒が下敷きになってしまう。クロムは、ベリルと交わした人造兵の力を使わない約束を思い出すのだが……。
■第21話「遺言」
　グリアン軍の砲撃とアゲートの力の発動で、半壊してしまったクラスターE.A.。避難した生徒たちの中にベリルとフォンがいないことに気づき、２人を探そうとするエマだったが、軍によるアゲートの捜索が終わるまで生徒らを拘束すると言うベスビアによって阻まれてしまう。その頃、ベリルとフォンは、閉じ込められた作業小屋の地下室で発見したカールスがエマに遺した手紙を読んでしまう。そこには、アゲートの驚くべき秘密が綴られていた。
■Secret Episode 2「白き足跡」（完全新作ＯＶＡ）
　クラスターE.A.に転入してきた15歳の少年、カールス。転入早々の試験で首席となった彼は、それまで首席だったベスビアにライバル視されつつも、親友エマと共に穏やかな学園生活を送る。だが時が流れるにつれ、世間では人間の姿をした兵器＜人造兵＞への迫害が激しくなりつつあった……。

製作年度：2005

第20話　脚本：浅川美也／演出：吉村 章／絵コンテ：須永 司／作画監督：米山浩平・池田 有
第21話　脚本：山田かおり／演出：綿田慎也・藤田陽一／絵コンテ：西森 章／作画監督：高橋 晃
Secret Episode 2　脚本：山田かおり／演出：綿田慎也／絵コンテ：須永 司／作画監督：菱沼義仁

企画：サンライズ／原作：矢立 肇／監督：池田 成／キャラクターデザイン：菱沼義仁／メカニカルデザイン：山根公利／メインキャラクター原案：小松田わん（白泉社）／美術監督：小川由紀子／色彩設計：片山由美子・赤間三佐子／撮影監督：老平 英／編集：野尻由紀子／音響監督：木村絵理子／音楽：根岸貴幸／OPテーマ「僕たちの奇蹟」：＜Cluster’S＞下野 紘・福山 潤・岸尾大輔・吉野裕行（MusicRay’n）／EDテーマ「ココロのつぼみ」surface（Sony Music Records）／制作：サンライズ／製作：サンライズ・バンダイビジュアル　他

アゲート・フローライト：下野 紘／ベリル・ジャスパー：福山 潤／フォン・アイナ・サルファー：岸尾大輔／クロム：吉野裕行／カルセドニー・レニエル：井上 剛／エマタイト・ラムスベック：木内秀信／ベスビア・バレンチノ：斎賀みつき／ロード・クロサイト：神谷浩史／クロム団１号：鈴木達央／クロム団２号：鈴木千尋／クロム団３号：鈴木正和　他