ゼロ＝ルルーシュを狙う新総督コーネリア。
だがルルーシュの危機はそれだけではなじゃった。

【3話収録】
■STAGE 5「皇女 と 魔女」
　ゼロを捕らえるため本格的に動き出すブリタニア軍。その頃、ルルーシュはアッシュフォード学園内の自室で、C.C.と再会する。彼女はルルーシュにギアスという不思議な能力を与えた少女だった。当惑するルルーシュを気にも留めず、C.C.はルルーシュの自室に居座ってしまう。一方、釈放されたスザクはユフィという女性に出会う。ユフィをシンジュクゲットーに案内したスザクは、そこでブリタニア軍純血派同士の戦闘に巻き込まれる。
■STAGE 6「奪われた 仮面」
　アッシュフォード学園にスザクが転入してきた。生きて再会を果たすことができたルルーシュとスザク。だが、クロヴィス皇子殺害の容疑者であったスザクを、ブリタニア人のクラスメイトたちは歓迎しない。そのような中、ルルーシュの身に一大事が起きる。自室に隠し持っていたゼロの仮面を奪われてしまったのだ。犯人を追うルルーシュ。その動きを怪しんだミレイたち生徒会メンバーは、全校生徒を総動員して犯人探しをする。
■STAGE 7「コーネリア を 撃て」
　サイタマゲットーに潜伏するテロリストの掃討作戦に出るコーネリア。先の戦闘、シンジュク事変に酷似する作戦を展開し、ゼロをおびき寄せることが真の狙いだった。コーネリアの罠だと知りつつも、ゼロとしてサイタマゲットーに向かうルルーシュ。ギアスの力でサザーランドを奪取、ブリタニア軍を後退させるが、それはコーネリアの罠だった。ゼロの指揮下、壊滅していくテロリストの部隊。ルルーシュも投降を余儀なくされる……。

製作年度：2006

STAGE 5　脚本：大河内一楼／演出：鳥羽 聡、須永 司／絵コンテ：須永 司／キャラ作画監督：坂本修司、メカ作画監督：前田清明／総作画監督：千羽由利子、中田栄治
STAGE 6　脚本：大河内一楼／演出：工藤寛顕／絵コンテ：村田和也／作画監督：高橋 晃／総作画監督：千羽由利子、中田栄治
STAGE 7　脚本：大河内一楼／演出：秋田谷典昭、須永 聡／絵コンテ：須永 司／作画監督：中谷誠一／総作画監督：千羽由利子、中田栄治

監督：谷口悟朗／ストーリー原案：大河内一楼、谷口悟朗／キャラクターデザイン原案：ＣＬＡＭＰ／キャラクターデザイン：木村貴宏／ナイトメアデザイン：安田 朗、中田栄治、阿久津潤一(ビークラフト)／メカデザイン・コンセプトデザイン：寺岡賢司／シリーズ構成：大河内一楼／副シリーズ構成：吉野弘幸／副監督：村田和也／メインアニメーター：木村貴宏、千羽由利子、中田栄治、中谷誠一／美術監督：菱沼由典／色彩設計：岩沢れい子／撮影監督：大矢創太／音響監督：浦上靖夫、井澤 基／音楽：中川幸太郎、黒石ひとみ／製作：毎日放送、サンライズ、コードギアス製作委員会　他

ルルーシュ：福山 潤／スザク：櫻井孝宏／Ｃ.Ｃ.(シーツー):ゆかな／カレン：小清水亜美／ナナリー：名塚佳織／シャーリー：折笠富美子／ミレイ：大原さやか／リヴァル：杉山紀彰／ニーナ：千葉紗子／ロイド：白鳥 哲／セシル：井上喜久子／コーネリア：皆川純子／ユーフェミア：南 央美／ジェレミア：成田 剣／ヴィレッタ:渡辺明乃／ディートハルト：中田譲治／玉城：田中一成／咲世子：新井里美／扇：真殿光昭／皇帝：若本規夫　他