その問題を解決してはならない。

西暦2034年。長崎出島の難民武装蜂起事件から2年余り。草薙素子が失踪した後、公安9課は隊長に就任したトグサを中心に再建され、荒巻課長の下で20名以上の隊員を抱える組織に発展していた。
　そんな中、「梵」の刺青を入れた男たちが相次いで不審な自殺を遂げる事件が発生。 "個人的推論にのっとった捜査方針"を貫くバトーの地道な捜査により、「梵」の刺青は元シアク共和国最高指導者カ・ルマ将軍への忠誠を示すもので、自殺した13人はシアク共和国の特殊工作員たちであることが判明する。
　軍事独裁国家のシアク共和国は、今では国自体が崩壊し、日本はその難民を受け入れたばかりであった。そのシアク共和国の独裁者カ・ルマ将軍の嫡子カ・ゲル大佐が偽造パスポートで国外逃亡を図り、新浜国際空港で逮捕。取り調べに応じたカ・ゲル大佐が無差別テロの計画について供述をはじめると、彼は突如、人質をとって空港に立てこもる。それは茅葺政権にとってアキレス腱となりかねない事態だった...。
　事態の収拾を図るべく、公安9課が立てこもり事件の鎮圧に動き出した。トグサは、バトーの捜査によって13人の刺青男の自殺と今回の立てこもり事件に関連を見い出し、カ・ゲル大佐を追い詰める。ところがカ・ゲルは「傀儡廻が来る！」と謎の言葉を残し、拳銃で自殺を遂げてしまう。その様子を監視する一人の女がいた。──草薙素子。彼女は数種類のリモート義体をまるで傀儡のように操り、事件の裏側で密かに暗躍をつづけていたのだった...。

製作年度：2011

原作：士郎正宗／監督：神山健治／音楽：菅野よう子／キャラクターデザイン：後藤隆幸、西尾鉄也／メカニカルデザイン：寺岡賢司、常木志伸／総作画監督：後藤隆幸／美術監督：竹田悠介／撮影監督：田中宏侍／3D監督：遠藤 誠、塚本倫基／色彩設定：片山由美子／制作：Production I.G／配給：Production I.G、ティ･ジョイ／宣伝協力：プレシディオ、ヨアケ／製作：攻殻機動隊製作委員会　他

草薙素子：田中敦子／バトー：大塚明夫／トグサ：山寺宏一／荒巻大輔：阪脩／イシカワ：仲野 裕／サイトー：大川 透／パズ：小野塚貴志／ボーマ：山口太郎　他