第三章「蒼き死闘」

　１９９９年、地球に落下した異星人の宇宙戦艦をめぐり、地球統合戦争が勃発。開戦からすでに８年が経過していた……。
　統合軍のパイロット・工藤シンは、初めてあつかう可変戦闘機・ＶＦ－０がうまく操れないでいた。ある日、シンは海底にあるというマオの宝物を見に、素潜りに挑戦する。しかし"ゼロ"の操縦同様にうまく潜れずにいた。


　その頃、反統合同盟の潜水空母・アウエルシュテットからＳＶ－５１が射出された。目的は統合軍の空母・アスカに収納されている"プロトカルチャーの遺跡"を奪取すること。一方、統合軍もリアクティブアーマードバルキリーとデストロイドを投入し、洋上で激しい攻防戦を繰り広げる。やがて、戦火はマヤン島へも広がっていき、統合軍ＶＳ反統合同盟の"プロトカルチャーの遺跡"争奪戦はますます激化していくのであった！