【4話収録】
■第50話「怪獣密輸！？」
“密輸怪獣バデータ登場”
　ペット用に秘密裏に密輸された生物。それは、珍しい爬虫類などではなく、最終的には50メートル以上に成長してしまう怪獣バデータの幼体だったのだ。成長抑止剤HKPを注射されたバデータは、逆作用のため急激に成長させられてしまう。しかもHKPに含まれたハビルニアル毒素の影響によって、バデータは街で暴れだした。果たしてバデータにコスモスはどう立ち向かうのか？
■第52話「変身不能！？」
“パートナー怪獣ザゲル登場”
　怪獣出現によって出動したEYESは、現場付近に少女の姿を発見する。直ちに保護に向かったムサシだったが、少女はムサシからコスモプラックを取り上げて逃走してしまう。一方、おとなしくなった怪獣は宇宙怪獣の一種と判明。バリアーに包まれていることが分かったが、その効力は徐々に弱まりつつあった。果たして、この宇宙怪獣と謎の少女には、どんな関係があるのだろうか？
■第54話「人間転送機」
“分身怪獣タブリス登場”
　鏑矢諸島の一角にある朋友島に保護されている怪獣タブリス。そんなある日、夢川町にタブリスの目撃情報がもたらされる。しかしタブリスは、朋友島から一歩も外に出てはいなかった。直ちに捕獲を試みるEYESだったが、ワイヤーがすり抜けてしまい、タブリスも姿を消してしまった。やがて、朋友島のタブリスが分身を夢川町に送り込んでいたらしい事が判明するのだが……。
■特別総集編1「コスモス最大の危機」
“カオスウルトラマン、カオスウルトラマンカラミティ登場”
　カオスヘッダーへの唯一、そして決定的な対抗手段であるカオスキメラの培養に成功したEYES。だが、カオスヘッダーはこの研究施設に狙いを定め、カオスウルトラマンの進撃が開始された。迎え撃つコスモス。だが善戦むなしく、カオスウルトラマンはパワーアップして新たな姿と力を身につけてしまう。果たしてEYESとコスモスは、このピンチをどうくぐり抜けるのだろうか？

製作年度：2001

第50話　脚本：川上英幸／監督：市野龍一／特技監督：鈴木健二
第52話　脚本：林 壮太郎（原案：梶 研吾）／監督：根本実樹／特技監督：佐川和夫
第54話　脚本：大西信介／監督：石井てるよし／特技監督：佐川和夫
特別総集編１　構成：川上英幸／脚本：梶 研吾／監督・特技監督：八木 毅

製作：円谷一夫／監修：高野宏一／企画：満田カズホ（※満田カズホの「カズホ」は「禾」+「斉」です。）・丸谷嘉彦・森本正博／プロデューサー：渋谷浩康・小山信行・丸谷嘉彦／技術監督：大岡新一／音楽プロデューサー：玉川 静／音楽：冬木 透／シリーズ構成：江藤直行／製作：円谷プロダクション・毎日放送　他

ムサシ隊員：杉浦太陽／ヒウラ隊長：嶋 大輔／シノブ副隊長：坂上香織／フブキ隊員：市瀬秀和／ドイガキ隊員：須藤公一／アヤノ隊員：鈴木繭菓　他